А в чем разница лететь транзитно через Новосиб или Екб в, например, Ростов? У транзитных пассажиров есть вкусовые предпочтения, когда речь идет о выборе между Толмачево или Кольцово?

а какой перелет эффективнее с точки зрения минимизации расходов на пассажирокилометр: когда пункт пересадки посередине маршрута или когда один из участков мегакороткий и доля аэропортовых расходов в нем под 50%? да и режимы полета: взлетный и сразу посадочный.
посмотрите карту: Томск и Новосиб очень близко.
а вообще чем больше возможностей для формирования маршрута тем лучше. так что и туда и туда надо летать. а то все через Москву, да с обратными крючками.

Ну дело здесь скорее в том, что Томск расположен в 4-5 часах езды от Новосибирска (опустим хронологическую последовательность их основания)) и раньше многие ехали в Нск чтобы улететь. При этом, конечно, такой короткий маршрут не был востребован. Таким же образом обстояла ситуация с Кемерово и Барнаулом - потенциальные пассажиры этих этих аэропортов ехали в Толмачево, чтобы улететь оттуда. А Екб все-таки достаточно далеко чтобы были востребованы авиаперевозки, пусть и не в больших объемах, но все же.