Авиакомпания «Якутия» активно развивает свою маршрутную сеть. К началу 2009 года из аэропорта Внуково выполняются полеты в Братск, Благовещенск, Краснодар, Магадан, Нерюнгри, Сочи, Якутск. С 8 июня 2009 года авиакомпания начала выполнять полёты по маршруту Москва (Внуково) - Петропавловск-Камчатский - Москва (Внуково). Этот рейс дополнит постоянно расширяющуюся сеть полетов авиакомпании «Якутия» на дальневосточном направлении.