ЗАО "Хантыавиа" была учреждена 20 марта 1997 г. по инициативе геологоразведочных экспедиций г. Ханты-Мансийска и Ханты-Мансийского района с целью выполнения авиационных работ по их обслуживанию на вертолетах Ми-8. Учредителями авиакомпании стали Нефтеюганский ОАО и ряд физических лиц, в основном геологи и авиаторы.