Региональное государственное предприятие "Кавказаэронавигация" было создано в июле 1994 года в рамках государственной программы формирования Единой системы управления воздушным движением (ЕС УВД). В структуру РГП входят филиалы от Черного до Каспийского морей. В свою очередь "Кавказаэронавигация" является структурным подразделением ФУП "Государственная корпорация по организации воздушного движения Российской Федерации".